ผลกระทบของการคุมกำเนิดต่ออวัยวะภายในได้รับความสนใจมากที่สุด โดยมีงานวิจัยทั้งหมด 134 ชิ้นที่ตีพิมพ์ การเปลี่ยนแปลงของโครงสร้างและการทำงานของรังไข่พบได้ในการศึกษาส่วนใหญ่ (82%, ตารางที่ 2 ) ซึ่งไม่น่าแปลกใจเนื่องจากสูตรการคุมกำเนิดมีผลโดยตรงต่อการทำงานของระบบสืบพันธุ์ ดังนั้นการเปลี่ยนแปลงของเนื้อเยื่อและการทำงานของอวัยวะสืบพันธุ์จึงมีแนวโน้มมากกว่าผลกระทบอื่นๆ การเปลี่ยนแปลงส่วนใหญ่ที่เกิดขึ้นกับระบบสืบพันธุ์ ได้แก่ การเปลี่ยนแปลงของจำนวนฟอลลิเคิล น้ำหนัก และขนาดโดยใช้สูตร GNRH ( McNeilly & Fraser 1987 , DOcchio & Kinder 1995 , Gong et al . 1995 , Maclellan et al . 1997 ) และ PZP การรักษา ( ดันบาร์และอื่นๆ 1989 เคิร์กแพทริกและคณะ พ.ศ. 2535คิทเชนเนอร์และคณะ 2002เคอร์ติสและคณะ 2550 ). อย่างไรก็ตาม มีรายงานผลข้างเคียงที่รุนแรงมากขึ้น รวมถึงการอักเสบของมดลูกที่เพิ่มขึ้นจากอุปกรณ์ภายในมดลูก ( Daels & Hughes 1995 ) และการเปลี่ยนแปลงการทำงานของรังไข่ รังไข่อักเสบ และการก่อตัวของถุงน้ำด้วยการรักษา PZP ( Mahi-Brown et al . 1988 , Sehgal et al . 1989 , Rhim et al ยาคุมกำเนิดสัตว์ 1992 , Stoops et al . 2006 , Curtisและอื่นๆ 2550 ). นอกจากนี้ การปลูกถ่าย MGA สามารถเพิ่มการสร้างแร่ธาตุและ cystic hyperplasia ใน felids ( Munson et al . 2002 ) และทำให้เกิด endometrial hyperplasia ( Sokolowski & VanRavenswaay 1976 ) จึงพบการเปลี่ยนแปลงของรังไข่หรือระบบสืบพันธุ์เพศหญิงอย่างสม่ำเสมอในการคุมกำเนิดทุกวิธี ในปศุสัตว์ที่เลี้ยงในบ้าน การให้ภูมิคุ้มกัน GNRH ถูกนำมาใช้เพื่อปรับปรุงลักษณะของซากโดยการเพิ่มเนื้อไม่ติดมัน ( Huxsoll et al . 1998 ) ประสิทธิภาพการให้อาหาร ( Cook et al . 2001 ) และน้ำหนักมีชีวิต ( Bonneau et al . 1994 , Zeng et al . 2002 ) และการรักษามักจะส่งผลดีต่อลักษณะของซากหรือไม่มีผล การผลิตน้ำนมดูเหมือนจะไม่ได้รับอิทธิพลจากการคุมกำเนิดในการศึกษาไม่กี่ชิ้นที่มีการตรวจสอบ (GNRH agonist Mattos et al . 2001  progesterone Nave et al . 2000) แม้ว่าจะมีหลักฐานบางอย่างเกี่ยวกับการเจริญเติบโตของเต้านมในแมวที่รักษาด้วยโปรเจสเตอโรน (โปรเจสติน Loretti et al . 2005 )