ความเสียหายต่อลิมโฟไซต์ที่เกิดจากไวรัสเป็นเรื่องปกติแต่มักเกิดขึ้นชั่วคราว ในระหว่างการติดเชื้อ mononucleosis ไวรัส Epstein-Barr ติดเชื้อเซลล์ B ทำให้พวกมันแสดงแอนติเจนของไวรัส ทีเซลล์ที่ทำปฏิกิริยาต่อต้านแอนติเจนเหล่านี้จากนั้นจะโจมตีเซลล์บี และความบกพร่องชั่วคราวในการผลิตแอนติบอดีใหม่จะยังคงอยู่จนกว่าการติดเชื้อไวรัสที่เปิดเผยจะถูกกำจัด เนื่องจากแอนติบอดีที่มีอยู่แล้วในเลือดจะถูกทำลายลงอย่างช้าๆ ความล้มเหลวในการสร้างแอนติบอดีใหม่จึงมีความสำคัญต่อเมื่อการติดเชื้อยังคงอยู่เป็นเวลานาน เช่นเดียวกับที่เกิดในบางครั้ง การติดเชื้อไวรัสที่ร้ายแรงกว่านั้นคือเกิดจากไวรัสภูมิคุ้มกันบกพร่องของมนุษย์ (HIV) ซึ่งเป็นสาเหตุของโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องที่ทำให้เสียชีวิตได้ โรคเอดส์ เอชไอวีเลือกติดเชื้อเซลล์ T ระบบภูมิคุ้มกัน ตัวช่วยและป้องกันไม่ให้ผลิตไซโตไคน์และจากการทำงานในภูมิคุ้มกันที่อาศัยเซลล์ ผู้ที่เป็นโรคเอดส์อาจไม่สามารถเอาชนะการติดเชื้อด้วยจุลินทรีย์หลายชนิดที่ผู้ไม่ติดเชื้อเอชไอวีกำจัดได้ง่าย การติดเชื้ออย่างรุนแรงจากปรสิตบางชนิด เช่น ทริปาโนโซม ทำให้เกิดภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่นเดียวกับมะเร็งบางชนิด แต่ไม่แน่ใจว่าเกิดขึ้นได้อย่างไร ตัวอย่างเช่น โรค Hodgkin ซึ่งโจมตีระบบน้ำเหลือง ทำให้ผู้ป่วยติดเชื้อได้ง่ายขึ้น