การประยุกต์ใช้ทางนิติวิทยาศาสตร์ของการวิเคราะห์โครโมโซม Xการพิมพ์ โครโมโซม Xมีประโยชน์ในการวิเคราะห์เครือญาติสำหรับความสัมพันธ์ระหว่างพ่อแม่ลูกที่เกี่ยวข้องกับผู้หญิงอย่างน้อยหนึ่งคน ( Krawczak, 2007 ) การวิเคราะห์โครโมโซม X โครโมโซม X สามารถแสดงประโยชน์เฉพาะในกรณีบุคคลสูญหายและการระบุซากโครงกระดูก เนื่องจากซากศพของมนุษย์ในสถานการณ์ดังกล่าวมักจะได้รับการกู้คืนหลังจากระยะเวลาผ่านไปนานพอสมควร ตัวอย่างอ้างอิงโดยตรง