โปรตีนเป็นโมเลกุลอินทรีย์ภายในเซลล์ประเภทที่สอง สารเหล่านี้สร้างจากสายโซ่ของโมเลกุลขนาดเล็กที่เรียกว่ากรดอะมิโนและทำหน้าที่หลากหลายในเซลล์ ทั้งตัวเร่งปฏิกิริยาและโครงสร้าง ตัวอย่างเช่น โปรตีนที่เรียกว่าเอนไซม์จะเปลี่ยนโมเลกุลของเซลล์ เซลล์ที่มีชีวิต (ไม่ว่าจะเป็นโปรตีน คาร์โบไฮเดรต ลิพิด หรือกรดนิวคลีอิก) ให้เป็นรูปแบบอื่นที่อาจช่วยให้เซลล์ตอบสนองความต้องการด้านพลังงาน สร้างโครงสร้างรองรับ หรือสูบของเสียออก