คำว่ายาปฏิชีวนะถูกนำมาใช้ครั้งแรกในปี พ.ศ. 2485 โดยSelman Waksmanและผู้ร่วมงานของเขาในบทความในวารสาร เพื่ออธิบายถึงสารใดๆ ก็ตามที่ผลิตโดยจุลินทรีย์ที่เป็นปฏิปักษ์ต่อการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์อื่นๆ ที่มีการเจือจางสูงคำนิยามนี้ไม่รวมสารที่ฆ่าแบคทีเรียแต่ไม่ได้ผลิตโดยจุลินทรีย์ (เช่นน้ำย่อยและไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์ ) นอกจากนี้ยังไม่รวม สารต้านแบคทีเรีย ยาปฏิชีวนะ สังเคราะห์เช่นซัลโฟนาไมด์. ในการใช้งานในปัจจุบัน คำว่า "ยาปฏิชีวนะ" ใช้กับยาใดๆ ที่ฆ่าแบคทีเรียหรือยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย โดยไม่คำนึงว่ายานั้นผลิตโดยจุลินทรีย์หรือไม่