เมื่อเข้าทางปาก  อะเซทิลแอลคาร์นิทีน น่าจะปลอดภัยสำหรับคนส่วนใหญ่ อาจทำให้เกิดผลข้างเคียงบางอย่าง ได้แก่ปวดท้อง คลื่นไส้อาเจียนปากแห้งปวดศีรษะและกระสับกระส่าย นอกจากนี้ยังสามารถทำให้เกิดกลิ่นคาวของปัสสาวะ ลมหายใจ และเหงื่อ