มีความแตกต่างพื้นฐานระหว่างการย่อยอาหารภายในและภายนอก การย่อยอาหารจากภายนอกพัฒนาขึ้นก่อนหน้านี้ในประวัติศาสตร์วิวัฒนาการ และเชื้อรา ส่วนใหญ่ ยังคงพึ่งพามัน [4]ในกระบวนการนี้เอ็นไซม์จะถูกหลั่งออกสู่สิ่งแวดล้อมรอบๆ สิ่งมีชีวิต ซึ่งพวกมันจะย่อยสลายสารอินทรีย์ และผลิตภัณฑ์บางส่วนจะแพร่กลับไปสู่สิ่งมีชีวิต สัตว์มีท่อ ( ระบบทางเดินอาหาร ) ซึ่งเกิด การย่อย อาหารภายใน ซึ่งมีประสิทธิภาพมากกว่าเนื่องจากสามารถดักจับผลิตภัณฑ์ที่แตกตัวได้มากขึ้น และสภาพแวดล้อมทางเคมีภายในสามารถควบคุมได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น สิ่งมีชีวิตบางชนิด รวมทั้งแมงมุม เกือบทั้งหมด หลั่งสารชีวพิษและสารเคมีย่อยอาหาร (เช่น เอนไซม์) สู่สภาพแวดล้อมนอกเซลล์ก่อนที่จะกิน "ซุป" ที่เป็นผลตามมา ในอีกทางหนึ่ง เมื่อสารอาหารหรืออาหารที่มีศักยภาพอยู่ภายในร่างกายการย่อยอาหารสามารถดำเนินการไปยังตุ่มหรือโครงสร้างคล้ายถุง ผ่านท่อหรือผ่านอวัยวะเฉพาะหลายๆ อวัยวะที่มุ่งทำให้การดูดซึมสารอาหารมีประสิทธิภาพมากขึ้น