ไมโครไบโอต้าที่ได้รับมา หรือแอนติเจนจากสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ การเปลี่ยนแปลงองค์ประกอบและการทำงานของไมโครไบโอต้าอันเป็นผลมาจากการใช้ยาปฏิชีวนะ วิวัฒนาการของอาหาร และการกำจัดพันธมิตรที่เป็นส่วนประกอบ เช่น จุลินทรีย์ หนอนพยาธิได้เปลี่ยนพันธมิตรของจุลินทรีย์ของเราให้กลายเป็นหนี้สินที่อาจเกิดขึ้น แม้ว่าสมาชิกของ microbiota มักจะถูกเรียกว่า commensals แต่ symbiosis - ปฏิสัมพันธ์แบบถาวร - ระหว่าง microbiota และโฮสต์ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมนั้นครอบคลุมรูปแบบต่างๆ ของความสัมพันธ์รวมถึงความสัมพันธ์ซึ่งกันและกัน ปรสิต หรือ commensal