องค์ประกอบของไมโครไบโอต้าในลำไส้มักจะหาปริมาณโดยใช้วิธีการที่อิงกับดีเอ็นเอ เช่น การหาลำดับเจเนอเรชันถัดไปของยีน 16S ไรโบโซมอาร์เอ็นเอ microbiota หรือการหาลำดับจีโนมปืนลูกซองทั้งหมด ซึ่งช่วยให้สามารถอนุมานการทำงานของไมโครไบโอต้าได้เช่นกันผลิตภัณฑ์เมตาบอลิซึมของไมโครไบโอต้าสามารถตรวจวัดได้ในอุจจาระและซีรั่มโดยใช้วิธีเมแทบอโลมิก